Analizzare gli spettri è complicato!

Il compito del biologo in questi studi è quello di isolare il composto dalle cellule nella forma più pura possibile – ma è più facile dirlo che farlo.

Prendiamo per esempio l'apparato fotosintetico della cellula: ci sono voluti decenni di lavoro per separare i complessi proteina-clorofilla che costituiscono i fotosistemi.

Due complessi diversi avranno spettri di assorbimento diversi. Lo spettro del fotosistema è la somma degli assorbimenti delle proteine e dei pigmenti che lo compongono.

Due complessi a diverso grado di purezza (perché isolati con metodi differenti) avranno perciò spettri di assorbimento diversi. Se per esempio i trattamenti con i detergenti allontanano troppe molecole di clorofilla dalle proteine, il comportamento del complesso nei confronti della luce risulterà diverso da quello che effettivamente ha all'interno del cloroplasto.

Lo spettro cambia anche se il complesso molecolare si trova in ambiente ossidante oppure riducente.

Nel caso dei fotosistemi, che cedono facilmente gli elettroni eccitati ad altre molecole, una soluzione ossidante conterrà il fotosistema nella forma ossidata, con spettro diverso da quello dello stesso fotosistema nella forma ridotta.

Questo è un problema, ma è anche un vantaggio perché permette di rivelare l'esistenza di una reazione che comporta il trasferimento di elettroni.