La fermentazione è un processo biochimico di trasformazione delle sostanze organiche, in particolare i carboidrati, operato in assenza di ossigeno.

Negli animali la fermentazione porta alla formazione di acido lattico, in molti microrganismi porta alla formazione di alcol etilico.

La fermentazione di proteine e di altri composti azotati da parte dei batteri è chiamata di solito putrefazione.