Come si prepara un gel d'agarosio?

L’agarosio è un polisaccaride presente in natura nelle alghe.

Sciogliamo, tramite ebollizione, una quantità di agarosio tale da ottenere un gel alla concentrazione desiderata (tra 0.8% e 2%). Versiamolo in una vaschetta in cui è stato precedentemente appoggiato un "pettine" per formare i pozzetti, piccoli buchi.

Una volta che il gel si è solidificato lo si depone in un'apposita vasca e lo si copre con una soluzione tamponata.
A questo punto i campioni contenenti una soluzione di DNA e glicerolo vengono deposti nei pozzetti e si applica un campo elettrico: il DNA migra verso il polo positivo con una velocità inversamente proporzionale alla lunghezza della molecola.

Dopo la corsa elettroforetica il DNA non è visibile nel gel, a meno che non venga marcato o colorato. Il metodo più comunemente usato per visualizzare il
DNA consiste nell'esporlo a una soluzione di etidio bromuro, un’agente intercalante in grado di insinuarsi tra una base e l’altra della doppia elica del DNA, che è fluorescente se esposto alla luce ultravioletta.

Con l’elettroforesi su gel d'agarosio, variando la concentrazione del gel, è possibile separare molecole di DNA di lunghezza che va da oltre 15 000 paia di basi a meno di 100 paia di basi. Non è possibile, però, distinguere tra loro due molecole che hanno quasi la stessa lunghezza (per esempio una di 8800 e una di 9000 paia di basi).

Una variante dell'elettroforesi in gel d'agarosio, detta elettroforesi in campo pulsante, rende possibile separare molecole di DNA estremamente lunghe (fino a 2.5 milioni di paia di basi).

In questo tipo di elettroforesi la polarità del campo elettrico varia periodicamente, costringendo la molecola di DNA a ri-orientarsi ogni volta per continuare a muoversi nel gel.

Poiché le molecole di grosse dimensioni impiegano più tempo per ri-orientarsi, le molecole si muoveranno tanto più lentamente quanto più sono lunghe, separandosi così distintamente fra loro.

Separazione di proteine (SDS-PAGE)