Separazione di proteine

Le proteine hanno una carica totale positiva o negativa che dipende dalla loro sequenza di aminoacidi. Gli aminoacidi, infatti, hanno una catena laterale che può essere di 20 tipi, alcuni dei quali hanno atomi con cariche positive o negative.

Alla metà degli anni 1960 è stata sviluppata una versione perfezionata di elettroforesi, comunemente nota come SDS-PAGE (PolyAcrilamide-Gel Electrophoresis), basata sull'utilizzo di un supporto inerte costituito da molecole di poliacrilamide e che può essere utilizzato per separare qualunque tipo di proteina.

La poliacrilamide è una molecola con la capacità di formare catene che in acqua si trovano in sospensione sotto forma di gel.

Sciogliamo una quantità di monomero (acrilamide) tale da ottenere un polimero (poliacrilamide) alla concentrazione desiderata (tra il 7% e il 15%).

Il gel contiene un detergente carico negativamente, il Sodio Dodecil Solfato (SDS) che, legandosi alle regioni idrofobe delle molecole proteiche, ne causa la denaturazione.

Questo detergente è carico negativamente e impedisce agli aminoacidi di stabilire i legami deboli che creano la struttura tridimensionale della proteina.

Grazie alla presenza di SDS le proteine migrano dal polo negativo al polo positivo con velocità indipendente dalla loro carica totale e dalla loro forma, ma solo sulla base del peso molecolare. Esse infatti hanno la stessa forma, poiché denaturate, e hanno tutte cariche negative.

Come si prepara un gel di poliacrilamide?

Separazione di frammenti di DNA