Separazione
di frammenti di DNA
La lunghezza
e la purezza del DNA possono
essere determinate in modo accurato utilizzando la stessa tecnica
dell'elettroforesi su gel utilizzata per separare le proteine.
La procedura
è addirittura più semplice, in quanto il DNA è
già di per sé carico negativamente per la presenza
di gruppi fosfato.
La
separazione del DNA in un gel di poliacrilamide avviene sulla
base della lunghezza della molecola e della sua forma.
I gel di poliacrilamide possono essere nativi, cioè
in grado di separare molecole di DNA a doppia elica, oppure denaturanti,
cioè in grado di separare singoli filamenti di DNA mantenendoli
in uno stato denaturato.
Per
frammenti di DNA di lunghezza inferiore alle 500 paia di basi,
è possibile separare molecole di DNA che differiscono anche
per un solo paio di basi eseguendo un gel di poliacrilamide in
condizioni denaturanti, con le molecole di DNA che migrano sotto
forma di singoli filamenti e soltanto sulla base della loro lunghezza.
Su questo tipo di elettroforesi si è basato per lungo tempo
il sequenziamento del DNA.
I
pori del gel di poliacrilamide sono troppo piccoli per permettere
il passaggio di lunghe molecole di DNA. Per frammenti di dimensioni
superiori alle 500 paia di basi si utilizza il gel d'agarosio.
Come
si prepara un gel di agarosio?
Separazione
di proteine (SDS-PAGE)
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