Separazione di frammenti di DNA

La lunghezza e la purezza del DNA possono essere determinate in modo accurato utilizzando la stessa tecnica dell'elettroforesi su gel utilizzata per separare le proteine.

La procedura è addirittura più semplice, in quanto il DNA è già di per sé carico negativamente per la presenza di gruppi fosfato.

La separazione del DNA in un gel di poliacrilamide avviene sulla base della lunghezza della molecola e della sua forma. I gel di poliacrilamide possono essere nativi, cioè in grado di separare molecole di DNA a doppia elica, oppure denaturanti, cioè in grado di separare singoli filamenti di DNA mantenendoli in uno stato denaturato.

Per frammenti di DNA di lunghezza inferiore alle 500 paia di basi, è possibile separare molecole di DNA che differiscono anche per un solo paio di basi eseguendo un gel di poliacrilamide in condizioni denaturanti, con le molecole di DNA che migrano sotto forma di singoli filamenti e soltanto sulla base della loro lunghezza. Su questo tipo di elettroforesi si è basato per lungo tempo il sequenziamento del DNA.

I pori del gel di poliacrilamide sono troppo piccoli per permettere il passaggio di lunghe molecole di DNA. Per frammenti di dimensioni superiori alle 500 paia di basi si utilizza il gel d'agarosio.

Come si prepara un gel di agarosio?

Separazione di proteine (SDS-PAGE)