Come si prepara un gel di poliacrilamide?

Il gel viene fatto polimerizzare fra due vetri separati da due strisce di plastica molto sottili (da 0,5 a 1,5 mm). Su un lato viene inserito un "pettine" che serve da stampo per la creazione dei pozzetti, piccoli buchi dove verrà deposta la soluzione contenente le proteine.

Una volta polimerizzato, il gel è deposto in un'apposita vasca e coperto di tampone di corsa, una soluzione che mantiene il pH costante, anch'essa contenente SDS.

A questo punto si è pronti per caricare i campioni contenenti le proteine, che sono disciolte in una soluzione di saccarosio, SDS e β-mercaptoetanolo (con la funzione di rompere eventuali ponti disolfuro).

Dopo la corsa elettroforetica le proteine non sono visibili sul gel, a meno che non vengano visualizzate tramite colorazione con il Blu Coomassie, un colorante organico che si lega molto specificamente alle proteine.

Si spegne la corrente e si toglie il gel dai vetri. Con delicatezza si immerge il gel in una soluzione di Blu Coomassie 0,1% disciolto in acqua-metanolo-acido acetico e lo si lascia per alcune ore. Tutto il gel diventerà blu e le bande saranno difficili da scorgere; allora bisogna decolorare il gel in isopropanolo-acido acetico e le bande proteiche, alle quali il colorante è legato saldamente, questa volta saranno nettamente visibili.

È possibile, sempre tramite l'applicazione di un campo elettrico, trasferire le proteine su una membrana di nitrocellulosa e visualizzarle tramite anticorpi specifici.

Elettroforesi bidimensionale

Separazione di frammenti di DNA