L’ibridazione a stringenza ridotta

Durante l’evoluzione degli organismi viventi si formano nuovi geni per duplicazione e divergenza di geni (o porzioni di geni) precedentemente esistenti.

Per questo motivo è possibile identificare, all’interno dei genomi, famiglie di geni omologhi, che presentano cioè similitudini nella loro sequenza e che spesso svolgono anche funzioni simili.

I membri di una famiglia di geni possono essere isolati da una libreria genomica o di cDNA utilizzando una sonda derivata da un gene omologo. Poiché in questo caso la sequenza della sonda non è identica a quella dei geni che si vogliono cercare, la reazione di ibridazione su filtro (vedi Southern blotting) viene eseguita in condizioni cosiddette di bassa stringenza, cioè in condizioni che permettono la formazione di una doppia elica stabile anche in presenza di un appaiamento imperfetto con la sonda.

Ciò avviene lavando il filtro a temperatura più bassa e/o ad una concentrazione salina più elevata rispetto alle normali condizioni di lavaggio.

L’ibridazione in situ

Southern e Northern blotting