Southern e Northern blotting

Le sonde di DNA marcate possono essere utilizzate per monitorare la presenza di uno specifico frammento di DNA (Southern blotting) o di RNA (Northern blotting), che sono stati precedentemente separati tramite elettroforesi.

Il frammento di DNA può derivare da taglio con nucleasi di restrizione o da una reazione di PCR.

Il Southern blotting è sfruttato principalmente per analizzare nel dettaglio la struttura di un gene, definendone la mappa di restrizione.

Se un gene è già stato clonato e se ne sono prodotte un gran numero di copie all’interno di un vettore di clonaggio, la sua struttura può essere definita analizzando i frammenti (generati tramite digestione con le nucleasi di restrizione) direttamente su gel di agarosio o di poliacrilamide.

Se viceversa ci interessa definire la struttura di un gene che non è stato clonato, ma di cui conosciamo la sequenza o parte di essa, allora dobbiamo ricorrere al Southern blotting. Ciò che cambia sostanzialmente in questo caso è il limite di sensibilità del metodo, che ci permette di studiare la struttura di un gene a partire da un campione di DNA genomico, cioè da pochissime molecole.

Il Northern blotting è utilizzato per lo studio dell’espressione genica, cioè per capire quali geni vengono trascritti: l’RNA deve essere estratto e purificato da cellule o tessuti, e poi analizzato per determinare la presenza o assenza di una certa sequenza.

Come si procede in pratica?

L’ibridazione in situ

L’ibridazione a stringenza ridotta